Características generales
En la actualidad la mayor parte de la zona cuenta con una protección de hecho, debido al difícil acceso, pero algunas áreas están sufriendo impactos que podrán resultar perjudiciales para la flora, la fauna, los ríos, el suelo y los propios habitantes de la región. Desde hace varios años existe interés entre la población de Santa Cecilia por proteger una parte de esta área; y por otra la CARDER tiene como objetivo crear un área de manejo especial en conjunto con la comunidad en la zona.
La vegetación natural de casi toda el área pertenece a bosque pluvial o muy húmedo. La vegetación clímax del área son bosques multi estratos con una gran diversidad en especies tanto de árboles, sotobosque como de lianas y epífitas. En los bosques pre montanos se destaca la abundancia de lianas y epífitas vasculares.
La topografía escarpada es un limitante para especies arbóreas grandes que solamente se pueden desarrollar en áreas más planas. En las partes pendientes existen las mismas especies, pero casi siempre caen antes de alcanzar un gran tamaño. Como consecuencia se ve una marcada concentración de las especies más grandes como ceiba (Ceiba pentandra (L.) Gaertn.) Guamo carrá, carra (Huberodendron patinoi Cuatr.) y Lechero (Brosimun sp. y Olmedia sp.) e higuerón (Ficus spp.) al borde de los ríos y sobre los filos. En partes muy pendientes (> 100%) se ven pocos arboles mayores de 15 m y más bien chusque, helechos, Aráceas y arbustos. Algunas palmas grandes como la barrigona (Iriartea ventricosa Mart.) si son capaces de desarrollarse sobre laderas pendientes.
El número total de especies de flora es probable que se encuentre en el rango de 2500 a 3000. Las familias con mayor número de especies son Orchidaceae, Bromeliaceae, Ericaceae, Gesneriaceae, Asteraceae, Melastomataceae y Rubiaceae. Las familias de mayor importancia a nivel de biomasa son Arecaceae, Bombacaceae, Moraceae, Fabaceae, Cecropiaceae, Rubiaceae y Melastomataceae.
En el área se han identificado hasta 500 especies de aves (observadas + probables + posibles). El área puede tener un valor particular para aves migratorias, ya que muchas de estas vienen desde el Istmo de Panamá siguiendo la cordillera occidental hasta cruzarlo por la cuenca alta del Río San Juan.
Dentro y cerca al área se han realizado inventarios de anfibios y reptiles. La información es aún bastante incompleta, en particular con respecto a los reptiles. En la cuenca alta del Río San Juan se han encontrado 86 especies de anfibios, esta área podría ser la más rica dentro de la cuenca del Río San Juan dadas sus condiciones de extrema humedad, gran variedad de ambientes y excelente nivel de preservación. La mayor diversidad de anfibios se encuentra alrededor de los 1.500 msnm probablemente porque allí se encuentra el óptimo de la relación humedad - temperatura para este grupo.
El estado de los inventarios de los reptiles en la cuenca alta del San Juan es aún regular, aun así se ha encontrado un importante número de especies, registrándose hasta el momento 42 especies. Se destaca un buen número de culebras y la abundante presencia de iguana Basiliscus spp. De mariposas diurnas en la cuenca alta del Río San Juan se han encontrado 264 especies.
