En las selvas circundantes del Cañón de Araracuara es posible encontrar desde grandes felinos y anacondas de 10 metros de largo hasta especies como el mico león, el mono más pequeño del planeta, tan grande como el puño de una mano. La flora es la propia de la selva amazónica colombiana: grandes árboles, bejucos, hongos, líquenes. En la época de las caucherías de principios del siglo XIX el caucho fue intensamente explotado en la zona, trayendo con sigo gran deterioro de las selvas del sector.