Flora y fauna
El Santuario tiene actualmente un registro de 622 especies de flora de las que sobresalen las familias Orchidaceae (99 especies), Asteraceae (90 especies) y Ericaceae (25 especies) por presentar una mayor riqueza de acuerdo al número de especies. Dentro de las especies identificamos quince que presentan algún grado de vulnerabilidad a nivel nacional e internacional, con base en las propuestas de la IUCN (1997) y la contribucion presentada por Rangel (2000) y las categorías planteadas por García & Galeano (2003) y Calderón (2003): Lepechinia vulcanicola, Gynoxis sancti-antoni, Berberis grandiflora, Baccharis granadina, Oreopanax nigrum, Chaptalia cordata, Draba picnophylla, Guzamnia bakeri, Geum perivianum, Puya clava-herculis, Ranunculus guzmanii, Chuquiraga juissieve, Gaultheria erecta, Diplostephium rhododentroides y Espeleta pycnophylla o frailejón que es una especie endémica de los páramos del sur occidente de Colombia; Nariño.
Encontramos tres de las cinco especies de venado registrados para Colombia, venado común (Mazama americana), venado soche (Mazama rufina) y venado conejo (Pudu mephistophiles). Tambien encontramos otras especies de mamíferos como zorros (Lycalopex culpaeus), cusumbos (Masuella sp), puerco espines (Echinoprocta sp), conejos (Sylvilagus sp), armadillos (Dasypus sp.).
Por otra parte se avifauna está representada por 135 especies que estan distribuidas en los tres ecosistemas, entre las más abundantes tenemos la familia de los colibríes, Trochilidae con especies como: Chalcostigma herrani, Eriocnemis derbyr,de igual forma encontramos a los roba mieles Diglossa humeralis humeralis, Diglossa humeralis aterrina, Diglossa cyanea.
Encontramos dos especies de patos: Pato pico de oro (Anas georgica) y pato andino (Anas andium). Rn el bosque andino encontramos la pava negra (Aburria aburri), águilas (Buteo platypterus), carriquí de montaña (Cyanacorax yncax) entre otras. De las especies registradas en el área, 17 están dentro de una categoría de amenaza, en su mayoría conjunto de aves restringidas a biomas.
