Características generales
La bahía cuenta con nueve metros de profundidad, con un mínimo de tres y un máximo de 20 metros, con condiciones marinas de salinidad alta.
Manglares, corales, aves, langostas, camarones, gran variedad de moluscos, almejas, caracoles, ostras, peces como el mero, róbalo, pargo, lisa, lebranche, sierra, sardina, reptiles, tortugas, erizos, armadillos, murciélagos, zorros, zainos entre otros, son algunas de las especies de la rica biodiversidad de esta región, que quedaron protegidas con la declaratoria de este nuevo parque natural.
La propuesta de Bahía Pórtete como área protegida aumentaría la representatividad de ecosistemas a nivel nacional (IDEAM et. al. 2007), incluyendo tres nuevas unidades de análisis eco sistémico a saber: en un 53,26 % para los manglares de los Holobiomas Pericaribeños, en un 3,45% de los Holobiomas Pericaribeño en la Alta Guajira y un 0,84% de la Unidad Caribe Guajira Marino. Igualmente complementara en un 0,89% el Zonobioma del desierto Tropical Pericaribeño de la Alta Guajira representado en el Parque Nacional Natural La Macuira. Lo que constituye una declaratoria estratégica para el país y el Sistema Nacional de Áreas Protegidas - SINAP, considerando la baja representatividad que tienen los ecosistemas marinos y costeros no solamente al nivel nacional sino también global.
De acuerdo con un análisis de vacíos realizado por Segura-Quintero et al., (2012) para el sistema de PNN de Colombia se obtuvo como resultado que ecosistemas como praderas de pastos marinos, formaciones coralinas y manglares se encuentran representados en el sistema en un 14, 16 y 34 % respectivamente; No obstante, para el ecosistema de praderas de pastos en donde la cobertura de este ecosistema en el país es del 80% en el departamento de La Guajira con esta propuesta se incrementaría su representavidad cerca de un 3%.
La Bahía es considerada un área de especial relevancia por los ecosistemas que alberga. Contiene por ejemplo la mayor cantidad de pastos marinos a nivel nacional, representando cerca del 3,05% de dicho total (Solano, 1994; Díaz- Pulido, 1997; Castillo-Torres, 2002; Díaz et al., 2003). Igualmente existen allí los bosques de manglar y formaciones coralinas, consideradas como las más desarrolladas para el departamento de La Guajira, con superficies mayores a 11 y 100 km2 respectivamente (Díaz-Pulido, 1997; y Díaz et al.2000, 2003).
Para La Guajira a excepción de bahía Tukakas (límite con Venezuela) esta es la única bahía que presenta un mayor grado de complejidad por la presencia de los siete ecosistemas marinos y costeros estratégicos (fondos sedimentarios, praderas de pastos marinos, formaciones coralinas, manglares, playas y litoral rocoso) definidos por la PNAOCI (MMA, 2000), importantes para la supervivencia y desarrollo de las diferentes fases del ciclo de vida de muchas especies presentes en la Bahía. Se conoce la fuerte vinculación entre los arrecifes coralinos y las áreas de cría adyacentes, como son los pastos marinos y los manglares (Ogden y Gladfelter, 1983).