Flora y fauna
Dentro de la jurisdicción del Santuario los grupos faunísticos mejor estudiados son anfibios y aves. Para el primer grupo, se han registrado 33 especies, de las cuales tres son endémicas (Atelopus mittermeieri, Eleutherodactylus carlosssanchezi y Nymphargus vicenteruedai), recientemente descritas por Acosta et al., (2006), Arroyo (2007) y Velásquez et al., (2007) respectivamente; otras especies destacadas por su abundancia en el sector “La Sierra” son: Eleutherodactylus merostictus, Eleutherodactylus miyatai y Eleutherodactylus uisae (Gutiérrez-Lamus et al., 2004).
Con relación a las aves identificadas en la “La Sierra”, la lista presenta 125 especies agrupadas en 36 familias, dentro de las cuales Tyrannidae (17 especies), Trochilidae (14), Thraupidae (10) y Furnariidae (9), son las más diversas. En cuanto al estado de conservación de este grupo, las siguientes especies, se encuentran bajo alguna categoría de amenaza: Odontophorus strophium, Eriocnemis derbiy, Andigena nigrirostris, Campephilus pollens, Hapalopsittaca amazonina, Coeligena prunellei y Macroagelaius subalaris (Castillo & Serrano, 2003)
Hasta el momento, la diversidad de mariposas en el área protegida identificadas en un rango altitudinal entre 2500-3000 msnm., arroja 47 especies, entre ellas, las más abundantes son: Lasiophila prosymna, Heliconius clysonymus, Catasticta radiata, Oleria padilla y Morpho lympharis.
En mamíferos, se han evidenciado rastros y avistamientos de Tremarctos ornatus (oso de anteojos), Mazama Rufina (venado soche), Cebus albifrons (mono cariblanco), puma, tinajo y pequeños roedores, entre otros.
La vegetación paramuna del área protegida, se caracteriza por contar con formaciones vegetales de tipo pajonal-frailejonal, chuscal-frailejonal y arbustal- frailejonal. El complejo de frailejones del Santurario, cuenta con una importante diversidad; de las 87 especies registradas para Colombia, 13 están presentes en Guanentá, entre ellas, dos nuevas especies descritas por Diaz-Piedraita & Rodríguez-(2008): Espeletia cachaluensis y Espeletia chontalensis, además: Espeletia boyacensis, Espeletia grandiflora var. boyacensis, Espeletiopsis pleiochasia, Espeletia murilloi; Espeletia incana (VU), Espeletia Nemekenei (VU), Espeletia congestiflora, Espeletiopsis guacharaca, Espeletiopsis sclerophylla (EN), Espeletia brachyaxiantha (EN), Espeletia discoidea (EN).
La franja boscosa, cuenta con importantes rodales de Quercus humboldtii (Roble) y Podocarpus oleifolius (Pino colombiano), y relictos de Polylepis quadrijuga (coloradito) especies categorizadas en amenaza. Así mismo, es refugio de nuevas especies, entre las que se destacan: Condylopodium hyalinifolium y Pentacalia guanentana (Asteraceae), publicadas por Diaz-Piedraita & Méndez (2000) y Diaz-Piedraita & Rodríguez (2011), respectivamente.
A nivel general, la composición florística del Santuario, de acuerdo con Rodríguez (2008), está constituida por 494 especies, 151 géneros, y 106 familias de plantas con flores y helechos. Dentro de las cuales, las mejor representadas a nivel específico son: Asteraceae (64 spp), Orchidaceae (39), Rubiaceae (38), Melastomataceae (29) y Ericaceae (24); y a nivel génerico: Asteraceae (20), Orchidaceae (17), Rubiaceae (17), Ericaceae (13) y Melastomataceae (13).