Situada sobre la costa caribe, participa de la exuberante vegetación chocoana, propia de las estribaciones de la serranía del Darién, especialmente rica en comunidades vegetales con una alta densidad específica. Los cerros que rodean a Capurganá conservan todavía una vegetación primaria con predominio de leguminosas, palmas y rubiáceas. Las familias botánicas más importantes son en su orden: Leguminosae, Palmae, Rubiaceae, Melastomataceae, Moraceae, Sapotaceae y Annonaceae. La abundancia de epífitas y hemiepífitas es una característica común a las formaciones lluviosas del Chocó.