Flora y fauna
En el grupo de aves se tienen 51 familias, 270 géneros, 402 especies. Las familias con mayor representatividad: Tyrannidae 30 Géneros y 47 especies; Thraupidae 19 Géneros y 43 especies; Trochilidae 28 Géneros y 36 especies. 18 de las 163 especies que presentan algún grado de vulnerabilidad a nivel local y global, un (1) endemismo Bangsia aureocincta; 11 endemismos de la Cordillera Occidental, 9 endémicas de Colombia y 14 casi endémicas.
Los mamíferos habitantes del Parque son representantes de la fauna endémica de los Andes, entre las cuales se tienen: Oryzomys minutsu, Echinoprocta rufescens, algunas en peligro de extinción: Tremarctus ornatus, Panthera onca, Puma concolor, Lontra longicaudis, Mazama americana; se encuentra la "Comadreja Colombiana" Mustela felipei, que ha sido catalogada como el mamífero más raro en Suramérica; los únicos cinco ejemplares que han sido estudiados provienen de Colombia y Ecuador. Uno en particular fue capturado en el Alto Galápago, limítrofe al Sur del Parque, UICN, s.f. 1.995. Se han registrado 110 especies de mamíferos pertenecientes a 67 géneros.
En reptiles se cuenta con registros para 108 especies, pertenecientes a 51 géneros y 9 familias. El suborden Serpentes registra 55 especies en 31 géneros y 4 familias. El suborden Sauria contiene 56 especies en 20 géneros y 5 familias (Anguidae, Gekkonidae, Teiidae, Gymnophthalmidae e Iguanidae), de las cuales las más diversas son las dos últimas. Los géneros que presentan una mayor diversidad son Anolis (Iguanidae) y Ptychoglosssu (Gymnophthalmidae).
Además del anturio negro y las 564 especies y morfoespecies de orquídeas, se protegen especies de árboles con maderas finas, algunas en peligro de extinción tales como: nuquetoro (Persea rigens), comino crespo (Aniba perutilis), barcino (Calophyllum brasiliense), gallinazo negro (Talauma sp), Molinillo Copachi (Magnolia hernandezzi), aguacatillo (Belschimiedia sp.), ollemono (Eschweilera sp.), cariseco (Billia colombiana), pino romeron (Podocarpus sp.), orejamula (Ocotea ruffa), cedrillo (Brunellia sp.), laurel chaquiro (Ocotea oblonga), palosanto (Spiroteca rhodostila), papelillo (Vochycia sp), Quimulá (Gordonia sp.), otobo (Dyalantera otoba), Cedro negro (Juglans neotropica).