Características generales
La zona se encuentra entre las cuencas del río Caquetá y Putumayo, y es irrigado principalmente por estos dos ríos, y el río Puré. También las quebradas Agua Blanca, Agua Negra, Arapa y Ayo entre otras hacen parte de la hidrografía de esta región. El río Puré desemboca en el río Caquetá (Japurá) en la parte brasilera.
Los ríos Caquetá y Putumayo están en un ambiente lótico, son denominados ríos de aguas blancas debido a su origen andino, pero las características de alta mineralización de las aguas y PH neutro o ligeramente básico no se presentan, por lo tanto son denominados ríos de aguas blancas, ya que ambos reciben importantes aportes de sistemas amazónicos que diluyen los componentes de las aguas provenientes de los Andes, presentando aguas barrosas, menos turbias, con baja (Putumayo) o alta (Caquetá) carga de sólidos en suspensión. Baja transparencia y PH ligeramente ácido. Mientras, el río Puré y sus afluentes son de origen amazónico y poseen también un ambiente lótico y léntico.
Se encuentran especies como la boruga, saíno o cerrillo, pavas, danta, venados y puerco de monte. Los mamíferos reportados en los ambientes acuáticos del sector son especies como Delfín, Bufeo, Nutria, Perro de agua de frecuente aparición en caños y pequeños tributarios. Dentro de las especies de mayor importancia comercial íctica se encuentran: el Simí, Baboso rayado Dorado y Lechero.
Actualmente se vienen desarrollando investigaciones al interior del parque, encaminadas a contribuir al conocimiento de la avifauna de la zona, que contribuya a la formulación del Plan de Manejo del parque y sirva de insumo para identificar y priorizar futuras actividades de investigación de la avifauna en él. El trabajo adelantado cobra mayor importancia en virtud de los resultados encontrados a la fecha. Por ejemplo, para Heliodoxa s. schreibersii, Hilty y Brown (1986) reportan registros de dos zonas en Colombia y tan sólo lo consideraban como probable en el departamento de Amazonas.
Por otra parte, se observó un individuo de Elaenia ruficeps a orillas del Quebradón El Ayo, especie que no había sido registrada antes en este departamento. Adicionalmente, M. flavirostris, sólo se conocía en el piedemonte de los Andes (Hilty & Brown 1986, F. G. Stiles comm. pers.); este registro constituye una importante ampliación de la distribución en el extremo oriente del país. El registro de Pachyramphus marginatus, una especie de bosque ampliamente distribuida en la Amazonía, pero con pocos registros en Colombia (Hilty & Brown 1986), confirmó la presencia de la especie en el sureste del país.
Con miras a reconciliar la conservación de la biodiversidad con las realidades de las poblaciones humanas presentes en la región, se están desarrollando acciones con las comunidades del límite norte del parque. El resguardo indígena de Camaritagua, al igual que las veredas de Villa Marcela y Madroño, adelantan los correspondientes planes de manejo de los recursos naturales.
Para el caso de las veredas, se está trabajando basados en la información obtenida en el diagnostico socioeconómico de este sector de la población, para que así los planes de manejo y acuerdos de uso, sean acordes con sus necesidades y realidades. Adicionalmente el desarrollo de estas actividades contribuye a un mejor manejo del área del parque, a través del ordenamiento de uso del área norte de amortiguamiento.