Características generales
El paisaje del Parque lo configura una planicie sedimentaria inundable, que ha sido modelada por procesos erosivos, creando un relieve ondulado con colinas que alcanzan hasta 300 m.s.n.m., donde se conjugan la selva húmeda tropical, ríos de «aguas blancas» como el Putumayo y el Caquetá de origen Andino y ríos de origen Amazónico como el Caucayá y el Sencella de «aguas negras».
El río Caucayá, del cual toma agua el municipio de Puerto Leguízamo (Cabecera municipal con 8.000 habitantes), hace parte del paisaje conformando un sistema de lagunas llamado «Cochas», de carácter intermitente a causa de las inundaciones periódicas; entre ellas se destacan Cecilia, Viviano, Amarón, Garza, Limón Renaco, El Guadual y Lagarto Cocha. La laguna la Apaya sobre el Putumayo abarca una extensión aproximada de 3.000 hectáreas. También se encuentran zonas intervenidas por el hombre, donde se realiza agricultura de subsistencia, extracción de maderas y ganadería.
Los grupos humanos nativos de la Paya pertenecen a varias etnias: Sionas, Uitotos, Muruis y Quichuas-Ingas, agrupados en los resguardos de El Hacha, Jirijirí y Lagarto Cocha. Como consecuencia del contacto con la civilización occidental, se ha dado un alto grado de transformación en las actividades agroforestales que practican los indígenas, aunque afortunadamente algunos grupos conservan ciertos rasgos culturales.
La Paya es un espacio facilitador para la anidación de aves como los marta, el perico de pluma y mirapacielo. La Apaya, una de las principales lagunas de la gran red de fuentes hídricas del parque, alberga entre otros al legendario caimán negro del Amazonas.
Dentro de su diversidad biológica encontramos especies animales como la vaca de monte, el mico barrigudo, el armadillo, el tigre mariposo y el manatí, entre otros. En las especies arbóreas encontramos el quino, el caimo, el capirón y la ceiba.
